Bajo el bonapartismo y los Borbones posteriores
Al llegar al trono José Bonaparte, no quiso servirle por ser firme realista y en noviembre de 1808 deja su plaza para a mitad del año siguiente salir de Madrid y formar parte del Batallón de Voluntarios Realistas de Buenache, en Cuenca, del que fue su primer comandante por su capacidad organizativa. El tiempo del período francés fue de acción militar, muy distinto de su actividad palatina con los libros.
Se reincorporaría a la Real Biblioteca el mismo día que entró en Madrid Fernando VII y lo primero que hizo fue reunir libros dispersos por Palacio. Viudo, y persona de porte, casó en segundas nupcias con la hermana del marqués de Palacios en 1830, Antonia de Villarroel, pero siguió con su servicio real tras darle licencia el monarca para la boda.
José Ángel era muy minucioso en su trabajo. Así, al incorporarse los libros adquiridos por los infantes en Valençay entre 1808 y 1814 hizo índice de todos ellos. En febrero de 1817 asumió el control de las bibliotecas del infante Don Carlos -muy nutrida- y de la reina Isabel de Braganza. Hubo en la planta de la Real Biblioteca otros bibliotecarios, José Medina, José Gregorio Zaragoza, José Faraldo y Baldiri Riera, éste al cargo del monetario a cambio de ceder su colección de monedas al monarca, pero nuestro hombre cobraba cada año más peso. Se le solicitará a él, así, al morir Fernando VII, inventario y tasación de su biblioteca de Cámara. Pero este esfuerzo y el ya contar con 60 años decidió su jubilación, cesando como primer bibliotecario de Cámara de la nueva persona soberana, la reina Isabel II. Le sucedió el secretario de la mayordomía, Salvador Enrique Calvet.
Cuidadoso como decimos, hay un índice suyo de obras faltas en la Real Biblioteca, realizado en 1824/25, y ejecutó otros de otra índole en 1820. Trabajó preparando el de la inminente reina Isabel, en 1832, en un borrador que dedicó a la reina María Cristina, pero al tener abandonar su plaza quedó tal cual. Años después, en 1849, ya con 75 años, prueba de la gran confianza que se le tenía en el seno de la Casa Real, se le designa administrador del Real Sitio de san Lorenzo del Escorial, desempeñándose hasta 1854, cruzados los 80 años, el mismo año de su muerte. Sin embargo, al no tener oficio real de 1834 a 1849, se le contabilizaron en su expediente solo 44 años de servicio y no 60, aunque siempre había estado a disposición de la Casa Real.
No solo era detallista bibliotecario sino persona culta, ya que fue académico honorario de la Real Academia de San Carlos, en Valencia, y en Murcia miembro de la Real Sociedad de Amigos del País.