La colección bibliográfica
En sus anaqueles se conserva una colección bibliográfica altamente especializada considerada como una de las más importantes en su género, conformada a lo largo de los siglos para uso y apoyo de los boticarios mayores.
A lo largo de más de dos años se ha trabajado en su reorganización, análisis y catalogación de los ejemplares. Un total de 2045 ítems, más de 1426 nuevos títulos, cuyas descripciones se han incorporado a la base de datos IBIS de la Real Biblioteca. Se les ha asignado una nueva signatura que comienza con las iniciales "FR" (Farmacia) seguidas de un número currens y se han mantenido como antigua signatura las formadas por letras y números que respondían a armarios y estantes. En una segunda fase se procederá a la digitalización de los ejemplares de manera que también las obras puedan consultarse sin limitación alguna.
Entre sus fondos se conservan dos manuscritos, dos incunables, ciento cuarenta ejemplares de ediciones del siglo XVI, ciento seis ejemplares de ediciones del siglo XVII, casi quinientos ejemplares de ediciones del XVIII y aproximadamente doscientos setenta y cinco impresos antiguos del siglo XIX, entre monografías y publicaciones periódicas, en folio, cuarto y octavo principalmente. Están encuadernados en pergamino (FR-909, FR-931, FR-932), o conservan encuadernaciones escurialenses con filetes y superlibros de El Escorial (FR-907), en piel sobre tablas o sobre cartón de estilo plateresco (FR-1394) y renacentista (FR-629, FR-632), o con escudo heráldico de Felipe II (FR-318). Hay también ejemplares encuadernados en tafilete color avellana (FR-310). Abunda la encuadernación en pasta (FR-322), en pasta granitada, en pasta tachonada (FR-1326) de árbol y marmoleada (FR-110), así como encuadernaciones comunes en holandesa realizadas en el siglo XIX (FR-313). No se ha localizado ninguna marca o etiqueta de encuadernador.