Letra iniciall fondo de incunables recogidos en IBIS (Base de datos bibliográfica del Patrimonio Nacional) está formado por doscientos sesenta títulos distribuidos en doscientos noventa ejemplares, distribuidos en tres depósitos: Real Biblioteca, Real Farmacia (dos ejemplares) y  Monasterio de las Descalzas Reales (siete ejemplares). La descripción bibliográfica y de ejemplar completas son accesibles a través del catálogo online. La conservación y el acceso a la investigación de este fondo del primer periodo de la imprenta manual han llevado a su digitalizción completa.

Las anotaciones manuscritas, exlibris, encuadernación y demás aspectos materiales de cada ejemplar son elementos imprescindibles para la reconstrucción de la historia de su uso. La Real Biblioteca colabora en un proyeto europeo desarrollado por el CERL (Consortium of European Research Libraries): Material Evidence in Incunabula cuyo objetivo es el conocimiento de la circulación histórica de los incunables conservados en las bibliotecas de Europa.

La percepción de este conjunto de libros como una colección especial encontró en Jesús Domínguez Bordona su principal valedor. Fue bajo su dirección, en la Segunda República (1931-1939) cuando este fondo, disperso por varias salas, se reunió como conjunto diferenciado en un espacio único con una signatura propia.

El borrador de la memoria de la Biblioteca de Palacio en 1931 refleja la situación de los incunables cuando el establecimiento pasó a ser declarado de uso público:

"INCUNABLES Y RAROS:
No eran objeto de instalación especial. Bajo la Monarquía se empezaron ya a reunir en la Sala I, pero la mayoría se encontraban dispersos por toda la Biblioteca. Las antiguas listas de incunables son deficientísimas. Baste decir que figurando en ellas unos 100 ejemplares solamente, al inventariar la Sala VI (que consta de 3740 volúmenes) se pudo aumentar aquella cifra con 24 incunables más. […] La revisión del Índice general alfabético dará a conocer el número exacto de incunables, pero no podrá garantizarse la exactitud de este número hasta dar fin al inventario de toda la Biblioteca."

Matilde López Serrano y Pilar García Morencos elaboraron un Catálogo de incunables de la Real Biblioteca, publicado 1989. En la actualidad, un trabajo de catalogación exhaustivo ha permitido completar el trabajo anterior, integrando en la base de datos electróncia IBIS ejemplares dispersos en varias sedes patrimoniales. Además, se han identificado nuevos incunables, incluidos en volúmenes facticios de manuscritos y de impresos y se ha atendido especialmente la recuperación de todos los elementos propios de cada ejemplar. La encuadernación es uno de los aspectos abordados con visión de conjunto que puede estudiarse en paralelo consultando la base de datos. La procedencia, evidenciada por la presencia de ex libris, superlibros y de otras marcas manuscritas de propiedad puede, también, ampliarse accediendo a la base de datos.